Вопрос: Можно ли в программе создать черновик накладной, а принять ее позже?

Да, для накладной есть опция “Еще в пути”.

Если у накладной включена опция “Еще в пути”, то при ее сохранении остатки для товаров не будут изменены. Т.е. это “черновик” документа. Это может быть необходимо, когда вы уже подготовили документ, но товар еще фактически не поступил в торговую точку.

Описание карточки накладной